POTENSI KEKERABATAN BAMBU MENGGUNAKAN GEN rbcL BERBASIS ANALISIS IN SILICO SEBAGAI BAHAN PENGEMBANGAN SUMBER BELAJAR BIOLOGI SMA PADA MATERI EVOLUSI
Author (Penulis)
IKA HANIFATUL MASRUROHUniversitas Nusantara PGRI Kediri
Author Identity (NPM)
14.1.01.06.0015Abstract
Berdasarkan studi pendahuluan di SMA Negeri 5 Kediri ditemukan beberapa masalah pada materi evolusi, yaitu siswa dan guru belum memahami evolusi molekuler, sumber belajar yang digunakan belum mengikuti perkembangan IPTEK dan belum memuat contoh evolusi molekuler. Upaya yang dapat dilakukan untuk mengatasi keterbatasan tersebut adalah dengan mengembangkan sumber belajar yang memuat contoh evolusi molekuler tanaman. Jenis tanaman yang dapat dijadikan contoh adalah bambu. Penelitian ini bertujuan untuk mengungkap kekerabatan bambu berdasarkan sekuen gen rbcL berbasis analisis in silico dan potensinya sebagai bahan pengembangan sumber belajar biologi SMA pada materi evolusi. Penelitian dilakukan pada bulan Februari sampai Mei 2018 di Kampus I Universitas Nusantara PGRI Kediri dan SMA Negeri 5 Kediri. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif eksploratif yang terdiri dari dua tahap penelitian. Bahan penelitian I berupa sekuen gen rbcL bambu yang diunduh dari laman Genbank NCBI, sedangkan bahan penelitian tahap II adalah hasil penelitian tahap I yang diujikan kelayakannya sebagai bahan pengembangan sumber belajar. Sekuen gen rbcL yang dikoleksi, dipreparasi menggunakan aplikasi BioEdit dan dikonstruksi pohon filogeni dengan aplikasi Mega 6. Konstruksi pohon filogeni bambu menggunakan metode statistik UPGMA, Bootstrap method 1000 kali ulangan, dengan model pohon Maximum Composite Likelihood. Hasil konstruksi pohon filogenetik dari 14 spesies bambu berdasarkan gen rbcL, terbentuk group utama dan out group. Group utama terdiri 10 spesies bambu yang membentuk 2 klaster. Klaster 1 terdiri dari C. Spectabilis dan C. liebmannii. Klaster 2 terdiri dari 8 spesies bambu yang berkerbatan dekat, yaitu Bambusa bambos, B. mutipex, B. emiensis, Otatea. acuminata, O. galuca, Chusquea. spectabilis, C. liebmannii, Guadua chacoensis, G. angustifolia dan G. weberbaueri. Out group terdiri dari Phyllostachys edulis, P. nigra, Fargesia nitida dan F. spathacea. Pada pohon filogenetik masing-masing spesies yang memiliki tingkat kekerabatan paling dekat dikelompokkan pada cabang yang sama. Berdasarkan homologi sekuens gen rbcL, spesies bambu yang memiliki genus yang sama belum tentu memiliki kekerabatan yang lebih dekat dibandingkan dengan spesies bambu dari genus yang berbeda. Berdasarkan hasil uji kelayakan yang dilakukan oleh dua pakar ahli pembelajaran biologi dan satu praktisi guru mata pelajaran biologi, hasil penelitian kekerabatan bambu menggunakan gen rbcL berbasis in silico 97 % layak digunakan sebagai bahan pengembangan sumber belajar Biologi SMA pada materi Evolusi.
Keyword
aReference
Abdullah R. 2012. Pembelajaran Berbasis Pemanfaatan Sumber Belajar. Jurnal Ilmiah DIDAKTIA 7 (2):216-231.
Anissa. 2017. Keragaman Morfologi dan Genetik Bambu di Arboretum Universitas Padjajaran, Sumedang Jawa Barat. Prosiding Seminar Nasional Biodiversitas Indonesia 3 (3):351-360.
Balittri. 2011. Potensi Bambu Sebagai Tanaman Konservasi Daerah Aliran Sungai. http://balitri.litbang.pertanian.go.id/index.php/berita/berita-lain?77-potensi-bambu-sebagai-tanaman-konservasi-daerah-aliran-sungai. (diakses pada 17 Januari 20018).
Consortium Barcode of Life (CBOL). 2009. A DNA Barcode for Land Plants. PNAS: 106 (31).
Charomaini Z.M. 2014. Budidaya Bambu. IPB Press: Bogor.
Imtihana, M., Martin H.B.F.P. dan Priyono, B. 2014. Pengembangan Buklet Berbasis Penelitian Sebagai Sumber Belajar Materi Pencemaran Lingkungan di SMA. Journal of Biology Education 3 (2): 186-192.
Julisaniah, N.I. 2008. Analisis Kekerabatan Mentimun (Cucumis sativus L.) Menggunakan Metode RAPD-PCR dan Isozim. Biodiversitas 9 (2):99-102.
Korall, P. dan Kenrick, P. 2002. Phylogenetic Relatioships in Selaginellaceae Based on rbcL Sequences. American journal of Botany 89 (3).
Nuha, U., Amin, A., Lestari, U. 2016. Pengembangan Buku Ajar Berbasis Penelitian Evolusi dan Filogenetik Molekuler untuk Mata Kuliah Evolusi di Universitas Jember. Jurnal Pendidikan 1 (9): 1791-1796.
Nur. A., Syahruddin. K. 2016. Gandum: Peluang Pengembangan di Indonesia Aplikasi Teknologi Mutasi dalam Pembentukan Varietas Gandum Tropis. Jakarta: Indonesian Agency for Agricultural Research and Development (IAARD) Press.
Karmana, I.W. 2009. Kajian Evolusi Berbasis Urutan Nukleotida. Ganec Swara 3 (3):75-81.
Pradipta, Y. 2012. Studi Molekuler untuk Menentukan Kekerabatan Genus Zingiber Varietas Zerumbet. Skripsi. FMIPA Institut Pertanian Bogor.
Primandiri P.R., Santoso A.M. 2015. Evaluasi Perkuliahan genetika untuk Calon Guru Biologi di Universitas Nusantara PGRI Kediri. Prosiding Seminar Nasional XII Pendidikan Biologi FKIP Universitas Sebelas Maret Surakarta.
Richardson, J.E. 2002. A Phylogenetic Analysis of Rhamanaceae Using rbcL and trnL-F Plastid DNA Sequences. American Journal of Botany 87 (9): 1309-1324.
Stansfield, W.D. 2006. Biologi Molekuler dan Sel. Erlangga: Jakarta.
Sukri, A. 2014. Analisis Filogeni Kerbau Lokal Indonesia (Bubaus bubalis) dengan Gen cyt b Berbasis Biogeografi Sebagai Bahan Aja Mata Kuliah Bioinformatika. Disertasi. Universitas Negeri Malang.
Suparman. 2012. Markah Molekular dalam Identifikasi dan Analisis Kekerabatan Tumbuhan Serta Implikasinya bagi Mata Kuliah Genetika. Jurnal BIOedukasi 1 (1): 59-68.
Suparman. 2013. Desain Primer PCR In Silico untuk Amplifikasi Gen rbcL pada Genus Mangifera. Jurnal BIOeduksi 2(1): 163-170.
Supriadi. 2015. Pemanfaatan Sumber Belajar dalam Proses Pembelajaran. Lantanida Juornal 3 (2):127-139.
World Bamboo Congress. 2012. An Update Tibal and Subtribal Classification of The Bamboos (Poaceae:Bambusoideae). World Bamboo Congress 1 (2): 3-27.
